פרשת חטיבת הנגב כראשית תהליך
הקמתה של חטיבת הנגב הייתה כרוכה בשינויים בתפיסת יעדיו של הפלמ"ח, ולפיכך היה הדבר קשור גם בשינוי במעמדו בקרב הכוחות.
הקמתה של חטיבת הנגב הייתה כרוכה בשינויים בתפיסת יעדיו של הפלמ"ח, ולפיכך היה הדבר קשור גם בשינוי במעמדו בקרב הכוחות.
באופן מסורתי הוטלו על הפלמ"ח שני תפקידים ייחודיים: האחד - כוח מחץ, כלומר, כוח שתפקידו לבצע משימות קשות ויזומות ולהפעיל כלי-נשק מיוחדים (הפלמ"ח הפעיל את גדוד השיריון הראשון, את מחלקת הטייסים ואת הפלי"ם). בתוקף תפקידו השני - כעתודה של הפיקוד העליון - הופקע הפלמ"ח מפיקוד המרחבים של ההגנה.
יש היסטוריונים הטוענים, כי בתיפקוד הכפול הזה הייתה טמונה סתירה פנימית: עם תחילת פעולות האיבה נדרש הפלמ"ח, ככוח היחיד המגוייס בפועל, למלא תפקיד של חיל מרחבי. כוחות הפלמ"ח נפרסו למלא "חורים" בהיערכות המרחבית של ה'הגנה' (בגליל העליון, בירושלים ובנגב) ומילאו באזורים המאוכלסים בדלילות תפקידים דומים לאלה שמילאו יחידות חיל השדה במרחביהן; וכך, איפוא, לא יכלו למלא את התפקיד שיועד להם ככוחות מחץ. לכן התעוררה השאלה מה הטעם בקיום המערכת הנפרדת והמקבילה של מטה הפלמ"ח.
התהליך של היווצרות זיקה בין יחידות הפלמ"ח לבין מרחבים מסויימים, שבהמשך המלחמה ינתק את היחידות זו מזו וממטה הפלמ"ח, יכפיפן ישירות למטה הכללי ויגרום לבסוף לפירוק מטה הפלמ"ח - תהליך זה הקדים לבוא בנגב, המרוחק והמנותק ממרכז הארץ. חטיבת הנגב הוקמה כדי להתמודד עם צורך אירגוני ואסטרטגי בנקודת תורפה חמורה שנתגלתה במהלך השלבים הראשונים של מלחמת העצמאות. יש חוקרים הסבורים כי הרה-אורגניזציה שערך מטה הפלמ"ח בכוחותיו שבנגב מנעה את התמוטטות המערך היהודי בנגב בראשית 1948.
הפשרה של גלילי, על פיה התקבל עקרון הכפיפות הישירה של חטיבת הנגב למטה הכללי בנושאים מבצעיים, פתחה בפועל את תהליך פירוק הפלמ"ח, אם התכוון לכך בן-גוריון כבר אז ואם לאו.
פרשת הקמת חטיבת הנגב ומינוי מיפקדה, וכן הקמת חיל-הים, שהתרחשו בסמוך זו לזו, חוללו משבר אמון בין בן-גוריון לגלילי. בן-גוריון חשד שבידיעתו ואולי אף ביוזמתו של גלילי נעשים מעשים החותרים תחת הסמכות שלו ואילו גלילי חשד שמעשי בן-גוריון מערערים את המערכת האירגונית של ה'הגנה'.
בפרשה זו התבלט הגורם הפוליטי מעל לכל ספק: מפקדי ההגנה (והפלמ"ח בתוכה), כגון ישראל גלילי ויגאל אלון, שזוהו עם מפ"ם, הסכימו לוותר על כפיפות חטיבת הנגב למטה הפלמ"ח, רק כאשר הובטח שמפקדה לא יהיה שלמה שמיר, חבר מפא"י (שלא היה חבר פעיל), אלא נחום שריג, חבר מפלגתם.
באופן מסורתי הוטלו על הפלמ"ח שני תפקידים ייחודיים: האחד - כוח מחץ, כלומר, כוח שתפקידו לבצע משימות קשות ויזומות ולהפעיל כלי-נשק מיוחדים (הפלמ"ח הפעיל את גדוד השיריון הראשון, את מחלקת הטייסים ואת הפלי"ם). בתוקף תפקידו השני - כעתודה של הפיקוד העליון - הופקע הפלמ"ח מפיקוד המרחבים של ההגנה.
יש היסטוריונים הטוענים, כי בתיפקוד הכפול הזה הייתה טמונה סתירה פנימית: עם תחילת פעולות האיבה נדרש הפלמ"ח, ככוח היחיד המגוייס בפועל, למלא תפקיד של חיל מרחבי. כוחות הפלמ"ח נפרסו למלא "חורים" בהיערכות המרחבית של ה'הגנה' (בגליל העליון, בירושלים ובנגב) ומילאו באזורים המאוכלסים בדלילות תפקידים דומים לאלה שמילאו יחידות חיל השדה במרחביהן; וכך, איפוא, לא יכלו למלא את התפקיד שיועד להם ככוחות מחץ. לכן התעוררה השאלה מה הטעם בקיום המערכת הנפרדת והמקבילה של מטה הפלמ"ח.
התהליך של היווצרות זיקה בין יחידות הפלמ"ח לבין מרחבים מסויימים, שבהמשך המלחמה ינתק את היחידות זו מזו וממטה הפלמ"ח, יכפיפן ישירות למטה הכללי ויגרום לבסוף לפירוק מטה הפלמ"ח - תהליך זה הקדים לבוא בנגב, המרוחק והמנותק ממרכז הארץ. חטיבת הנגב הוקמה כדי להתמודד עם צורך אירגוני ואסטרטגי בנקודת תורפה חמורה שנתגלתה במהלך השלבים הראשונים של מלחמת העצמאות. יש חוקרים הסבורים כי הרה-אורגניזציה שערך מטה הפלמ"ח בכוחותיו שבנגב מנעה את התמוטטות המערך היהודי בנגב בראשית 1948.
הפשרה של גלילי, על פיה התקבל עקרון הכפיפות הישירה של חטיבת הנגב למטה הכללי בנושאים מבצעיים, פתחה בפועל את תהליך פירוק הפלמ"ח, אם התכוון לכך בן-גוריון כבר אז ואם לאו.
פרשת הקמת חטיבת הנגב ומינוי מיפקדה, וכן הקמת חיל-הים, שהתרחשו בסמוך זו לזו, חוללו משבר אמון בין בן-גוריון לגלילי. בן-גוריון חשד שבידיעתו ואולי אף ביוזמתו של גלילי נעשים מעשים החותרים תחת הסמכות שלו ואילו גלילי חשד שמעשי בן-גוריון מערערים את המערכת האירגונית של ה'הגנה'.
בפרשה זו התבלט הגורם הפוליטי מעל לכל ספק: מפקדי ההגנה (והפלמ"ח בתוכה), כגון ישראל גלילי ויגאל אלון, שזוהו עם מפ"ם, הסכימו לוותר על כפיפות חטיבת הנגב למטה הפלמ"ח, רק כאשר הובטח שמפקדה לא יהיה שלמה שמיר, חבר מפא"י (שלא היה חבר פעיל), אלא נחום שריג, חבר מפלגתם.