ביטול משרת ראש המפקדה הארצית
על-פי דרישתו של בן-גוריון הוענקה ל'מינהלת העם' סמכות עליונה בכל נושאי הביטחון. מהחלטה זו נגזר גורלה של 'המפקדה הארצית' של ארגון ההגנה וגורל העומד בראשה, ישראל גלילי.
ב- 12 באפריל 1948 החליט הוועד הפועל הציוני להקים את 'מינהלת העם' כממשלה הזמנית של המדינה היהודית העתידה לקום. באותו חודש נבחר דוד בן-גוריון כיושב ראש המינהלה וממונה על נושא הביטחון. על-פי דרישתו של בן-גוריון הוענקה ל'מינהלת העם' סמכות עליונה בכל נושאי הביטחון. מהחלטה זו נגזר גורלה של 'המפקדה הארצית' של ארגון ההגנה וגורל העומד בראשה, ישראל גלילי. בן-גוריון חתר לביטול הכפילויות ששררו - לדעתו - הן בפיקוד הצבאי והן בקשר שבינו לבין הדרג המדיני. שינוי מהיר וחד של מבנה מערך הביטחון היישובי נראה לבן-גוריון כתנאי הכרחי לניהול הצבא והמלחמה. הוא סבר שעם מסירת נושא הביטחון לידי 'מינהלת העם' אין עוד צורך ב'מפקדה הארצית', ששימשה דרג ביניים פוליטי בין הממונה על הביטחון (בן-גוריון) לבין המטה הכללי . יש לזכור, כי בן-גוריון וראשי ה'הגנה' היו חלוקים בדבר אופיו של הצבא, ומחלוקת זו העכירה את היחסים המתוחים בלאו הכי בינו לבין גלילי. לכך יש להוסיף את חשדותיו של בן-גוריון בגלילי ובאחרים בהנהגת ה'הגנה' כי הם מטרפדים את ניסיונות השינוי שלו בגלל שיקולים פוליטיים (מאחר שהשתייכו למפלגת הפועלים המאוחדת - מפ"ם, יריבתה הפוליטית של המפלגה שבראשה עמד בן-גוריון - מפלגת פועלי ארץ-ישראל - מפא"י). חשדות אלה הלכו והתבססו בתוכו תוך העימותים הקודמים שהיו לו עם גלילי בענייני סמכות ומבנה הצבא.
ב- 26 באפריל 1948 זימן בן-גוריון את גלילי לשיחה על הנעשה בצבא. בשיחתם נדונו בעיקר: שאלת מעמדו המיוחד של הפלמ"ח, בעיית מינוי מפקדים ורמת המשמעת והאימונים. בן-גוריון טען כי הפלמ"ח הוא "צבא פרטי, כיתתי ומפלגתי" וכי יש לפרק את מטהו. הוא ייחס לגלילי ולשיטה המפלגתית השוררת ב'הגנה', כביכול, אחריות לכישלונות צבאיים שאירעו בשבועות האחרונים. בסוף שיחתם מסר את החלטת ‘הוועד הפועל הציוני' לבטל את מישרת הרמ"א. גלילי סבר, כנראה, כי זו הנחייה לטווח ארוך. בשיחה שנייה שהתקיימה באותו יום הוא הסכים להצעת בן-גוריון שמטה הפלמ"ח יפורק, אולם דרש שהפלמ"ח עצמו ימשיך להתקיים וייחודו יישמר באמצעות כפיפות ישירה של חטיבותיו למטכ"ל במקום למפקדי המרחבים. בדיון עם נציגי מפ"ם ומפא"י על רפורמה במערכת הביטחון, חזר בן-גוריון על טענתו, שהכישלונות הצבאיים נבעו, במידה חלקית לפחות, מהמבנה המוסדי המפלגתי של מערכת הביטחון, שלא תאם את צורכי המלחמה. התייצבותה של מפ"ם מאחרי גלילי והצהרותיה בזכות צבא מעמדי, המגן על השלטון הנבחר של מפלגות הפועלים (עמדה שגלילי עצמו הסתייג ממנה), חיזקו את בן-גוריון בהחלטתו לבטל את משרת הרמ"א.
ב- 26 באפריל 1948 זימן בן-גוריון את גלילי לשיחה על הנעשה בצבא. בשיחתם נדונו בעיקר: שאלת מעמדו המיוחד של הפלמ"ח, בעיית מינוי מפקדים ורמת המשמעת והאימונים. בן-גוריון טען כי הפלמ"ח הוא "צבא פרטי, כיתתי ומפלגתי" וכי יש לפרק את מטהו. הוא ייחס לגלילי ולשיטה המפלגתית השוררת ב'הגנה', כביכול, אחריות לכישלונות צבאיים שאירעו בשבועות האחרונים. בסוף שיחתם מסר את החלטת ‘הוועד הפועל הציוני' לבטל את מישרת הרמ"א. גלילי סבר, כנראה, כי זו הנחייה לטווח ארוך. בשיחה שנייה שהתקיימה באותו יום הוא הסכים להצעת בן-גוריון שמטה הפלמ"ח יפורק, אולם דרש שהפלמ"ח עצמו ימשיך להתקיים וייחודו יישמר באמצעות כפיפות ישירה של חטיבותיו למטכ"ל במקום למפקדי המרחבים. בדיון עם נציגי מפ"ם ומפא"י על רפורמה במערכת הביטחון, חזר בן-גוריון על טענתו, שהכישלונות הצבאיים נבעו, במידה חלקית לפחות, מהמבנה המוסדי המפלגתי של מערכת הביטחון, שלא תאם את צורכי המלחמה. התייצבותה של מפ"ם מאחרי גלילי והצהרותיה בזכות צבא מעמדי, המגן על השלטון הנבחר של מפלגות הפועלים (עמדה שגלילי עצמו הסתייג ממנה), חיזקו את בן-גוריון בהחלטתו לבטל את משרת הרמ"א.